De meest bekende waterschapsbelastingen zijn de watersysteemheffing en de zuiveringsheffing. Inwoners en eigenaren van gebouwen en gronden (bijvoorbeeld landbouwgrond) betalen voor de watersysteemheffing. De zuiveringsheffing wordt door gebruikers van woningen en bedrijfspanden betaald.
Met de watersysteemheffing bekostigen de waterschappen:
de waterkeringszorg: bescherming tegen overstromingen vanuit de zee of de grote rivieren;
het waterkwantiteitsbeheer: afvoer van water in natte periodes en aanvoer van water in droge periodes;
de zorg voor de kwaliteit van oppervlaktewater: baggeren, natuurvriendelijke oevers en bestrijding van een overmaat aan voedingsstoffen in het water.
De zuiveringsheffing is de belasting die waterschappen heffen voor het zuiveren van afvalwater.
De watersysteemheffing is in drieën verdeeld: ingezetenen, gebouwd en ongebouwd. Huurders betalen alleen een ingezetenenheffing, bewoners van koopwoningen ook een gebouwd-heffing. Bedrijven betalen alleen een heffing voor gebouwd, en boeren betalen alle drie de heffingen.
Sterke stijging ingezetenheffing
De ingezetenenheffing is sinds 2012 veel sterker gestegen dan de heffingen voor gebouwd en ongebouwd. In Rijn en IJssel het meest met meer dan 80 procent, in Rivierenland was dat bijna 80 procent, en in Vallei en Veluwe ruim 50%. Dat komt doordat deze heffing gebonden is aan de WOZ-waarde. Deze is voor woningen sterk gestegen, terwijl de WOZ-waarde van bedrijfsgebouwen stabiel bleef, en ook de waarde van ongebouwd.
Water Natuurlijk vindt dat de lasten voor bewoners de komende jaren minder moeten gaan stijgen dan die voor bedrijven en boeren.