Water Natuurlijk is in 2007 opgericht op initiatief van een aantal natuur- en recreatieorganisaties, om natuurlijk waterbeheer en de beleefbaarheid van het landschap nadrukkelijker op de agenda van de waterschappen te zetten. Veel nieuwe mensen en ondersteunende organisaties hebben zich aangemeld. Daarnaast biedt Water Natuurlijk een platform voor de groene waterschapsbestuurders, die zitting hadden voor de verkiezingen van november 2008. Deze bestuurders hebben de afgelopen decennia bijgedragen aan de langzame cultuuromslag van de waterschappen van puur agrarisch en veiligheidsgericht naar breder georiënteerde en opener organisaties, die ook waterkwaliteit, ecologie, gezondheid en de gebruiksmogelijkheden van het gehele watersysteem tot hun zorg rekenen.
Water Natuurlijk is opgericht als onafhankelijke stichting met een landelijk bestuur, regiobesturen en een Raad van Advies. In februari 2011 is de vereniging Water Natuurlijk opgericht om van Water Natuurlijk een democratische organisatie te maken. De stichting is om praktische redenen blijven bestaan; het bestuur van de vereniging vormt tevens het stichtingsbestuur
De Raad van Advies bestaat uit vertegenwoordigers van de belangrijkste ondersteunende organisaties en heeft uitsluitend een adviserende functie.
Water Natuurlijk is een democratische organisatie: zoveel mogelijk beslissingsbevoegdheden liggen bij de regiobesturen en fracties. Landelijke besluiten worden altijd in overleg met hen genomen.
